En diciembre de 1990 el FMLN lanza lo que sería la última ofensiva militar de carácter nacional y en la que se derriban los primeros aviones con misiles tierra-aire. Al establecerse una especie de equilibrio de fuerza, el gobierno de ARENA accede a la firma del Acuerdo de Nueva York el 31 de diciembre, y el 16 de enero de 1992 las negociaciones terminaron con la firma de los Acuerdos de Paz en el Castillo de Chapultepec, en México, poniendo fin a 12 años de conflicto interno. Al final de la guerra civil se contabilizó la muerte de más de 75,000 civiles salvadoreños y de alrededor de 9,000 desaparecidos.
La Comisión para la Verdad para El Salvador de las Naciones Unidas, organizada bajo el mandato de los Acuerdos de Paz, elaboró su informe …ver más…

La Ley define a la Superintendencia como una institución con autonomía en lo administrativo, en lo presupuestario y en el ejercicio de sus atribuciones. Sus funciones son las de fiscalizar al Banco Central de Reserva, así como todas las instituciones integrantes del sistema financiero, autorizar la constitución, funcionamiento y cierre de los bancos, financieras, instituciones de seguros y otras entidades que las leyes señala y realizar las demás funciones de inspección y vigilancia de dichas entidades. La Superintendencia asumió una supervisión prudencial del sistema financiero con total autonomía del Banco Central.

El 12 de abril de 1991 fue aprobada la nueva Ley Orgánica del Banco Central de Reserva de El Salvador, definiéndolo como una institución pública, autónoma y de carácter técnico. Fijó como su objetivo fundamental, velar por la estabilidad de la moneda y, como su finalidad esencial, promover y mantener las condiciones monetarias, cambiarias, crediticias y financieras más favorables para la estabilidad de la economía nacional.

La Ley Orgánica eliminó la facultad de controlar