Guadalajara tuvo injerencia muy importante en la introducción del federalismo. Se distinguen en la labor federalista Prisciliano Sánchez, Luis Quintanar y Valentín Gómez Farías. Asimismo la ciudad, participó, en la proclamación de la república federal y en la Constitución de 1824.
Se estableció el estado libre de Jalisco y su primer gobernador fue don Prisciliano Sánchez. Debido al constante cambio de gobernadores tanto liberales como conservadores, parte del siglo XIX (diecinueve) se vivieron grandes y fuertes luchas entre federalistas y centralistas, o liberales y conservadores, cosa que enfrentó y ensangrentó a la nación. Jalisco y Guadalajara tuvieron que padecer tales eventos armados. Se afectó la economía de todo el país y la …ver más…

Como consecuencia de esta guerra civil, Guadalajara siguió perdiendo su patrimonio artístico. El convento de Santo Domingo se destruyó totalmente; San Francisco, El Carmen y otros sufrieron parcialmente. A la llegada de los emperadores Maximiliano y Carlota, durante la invasión francesa (1864–1867), el mariscal Bazaine entró a Guadalajara ante el descuido de quienes aquí vivían y aún la defendían. La ciudad estaba ante la presencia delmás poderoso ejército del mundo, en esos tiempos. Quienes sí actuaron fueron la guerrilla y algunos liberales con las consecuentes victorias y represalias.
Los franceses fueron llamados por Napoleón III y por esa razón abandonaron Guadalajara en diciembre de 1866, que siguió padeciendo otros problemas generados al interior del estado, así como la bancarrota que se vivía fuertemente en ese momento.

Siglo XIX. Cultura, Ciencia y Arte
Con el siglo XIX llegó también el ánimo de modificar lo que tenía trescientos años de establecido; en la realidad, la huella de lo virreinal prevaleció a lo largo del siglo XIX.
La Guadalajara de hoy es en gran parte el resultado de lo que se vivió y forjó en el siglo XIX. A pesar de tantos hechos militares, de problemas políticos y de un desajuste económico importante, Guadalajara salió adelante por las bases que en el campo de la cultura supo mantener.
La tradición cultural de Guadalajara, a pesar de las circunstancias y de tener una gran vocación comercial y de negocios, no dejó de trascender con