Na Alquimia, a Árvore da Vida é formada por um eixo central, composto pelas três substâncias, e pela roda dos quatro elementos: Fogo, Terra, Ar e Água.

Este eixo central pode ser entendido como as três partes principais de uma árvore: a raiz, associada ao Sulphur; o tronco, associado ao Sal; e a copa associada a Mercurius.

Da mesma forma, também é possível relacionar as três substâncias aos sistemas do corpo. Sulphur (raiz) representa o sistema digestório. Sal (tronco) refere-se ao sistema circulatório, apoiado pelos sistemas respiratório e urinário, sendo que o primeiro se relaciona com a copa e o segundo com a raiz. Por fim, Mercurius (copa) representa o sistema linfático.

Durante o desenvolvimento de uma pessoa, a Alquimia considera três estágios iniciais, os setênios, relacionados à Árvore da Vida: de 0 a 7 anos, a ênfase está na Raiz; dos 7 aos 14, no Tronco; e dos 14 aos 21, na Copa. Dos 21 aos 28, ocorre uma integração dos sistemas, e a partir daí, até aos quarenta e nove anos, um terço da existência física se completa. A partir dessa etapa, a cada sete anos os sistemas seguem em um ritmo de auto-regeneração.

Já os elementos definem o movimento em torno do eixo central. Fogo e terra, na região da raiz, ar e água na copa, e todos os quatro elementos no tronco. A árvore precisa da dinâmica dos elementos para crescer e se desenvolver: de uma terra fértil, da luz solar, do ar e da água. A árvore se alimenta a partir das raízes, levando a seiva pelo tronco