O controle dos microorganismos é um assunto abrangente e de inúmeras aplicações práticas envolvendo toda a microbiologia e não só aquela aplicada à medicina.

Métodos Físicos de controle:
O método mais empregado para matar microorganismos é o calor, por ser eficaz, barato e prático. Os microorganismos são considerados mortos quando perdem a capacidade de multiplicar.
Calor úmido: A esterilização empregando calor úmido requer temperaturas acima de fervura da água (120º). Estas são conseguidas nas autoclaves, e este é o método preferencial de esterilização desde que o material ou substância a ser esterilizado não sofra mudanças pelo calor ou umidade. A esterilização é mais facilmente alcançada quando os organismos estão em contato direto como vapor, nestas condições o calor úmido matará todos os organismos.
Calor seco: A forma mais simples de esterilização empregando o calor seco é a flambagem. A incineração também é uma forma de esterilizar, empregando o calor seco. Outra forma de esterilização empregando o calor seco é feita em fornos, e este binômio tempo e temperatura deve ser observado atentamente. A maior parte da vidraria empregada em laboratório é esterilizada deste modo.
Pasteurização: consiste em aquecer o produto a uma dada temperatura, num dado tempo e a seguir, resfria-lo bruscamente, porém a pasteurização reduz o numero de microorganismos presentes mas não assegura uma esterilização.
Radiações: As radiações têm seus efeitos dependentes do comprimento