Lo que el autor trata de plasmar en esta obra es que el corazón humano no es puro; ni siquiera el de un niño. William Golding trata de crear en esta novela un mundo hecho exclusivamente de niños, el cual contiene la variedad de problemas del mundo adulto. Esta novela está ambientada en el marco temporal de la Segunda Guerra Mundial, esto resalta las barbaridades que se cometían en ambos mundos.
Los instrumentos más importantes a destacar son:

• La caracola, que posee un valor simbólico muy importante ya que representa la unión y el orden. El que la poseía en las asambleas tenía el derecho a hablar y no ser interrumpido. Cuando la caracola se rompe, la unión y el orden llegan a su etapa máxima de decadencia.
• La hoguera, que representaba la esperanza de ser rescatados. Era muy difícil mantenerla encendida; con un muchacho no bastaba, por lo tanto, durante las noches, dos debían quedarse a vigilar que no le pasara nada.
• La cabeza del cerdo, que representaba la barbarie humana, que la había colocado Roger cuando se comenzaba a convertir en un salvaje y que le revela a Simon en un ataque de epilepsia quienes son las verdaderas bestias. Son ellos, porque una bestia solamente se preocupa en comer y dormir, y eso es tal cual lo que hacen ellos

Los personajes más importantes de la novela son:

• Ralph, que es el primer personaje descripto. Aliado de Piggy, este chico atractivo y carismático, es elegido como jefe al comienzo de la novela, pero tiene un conflicto con Jack, que le impide continuar con su mandato. Este último había cambiado su turno de vigilancia en la hoguera, para ir a cazar. A raíz de esto la hoguera se apaga en el momento en el cual estaba pasando un barco, y no los pudieron rescatar. Más tarde la tribu se dividiría en dos: los salvajes y los no salvajes.
• Piggy, que es gordo, por lo cual, blanco de todas las burlas del grupo también. Posee unas gafas con las que se enciende la hoguera, debido a su alto grado de aumento. Es inteligente y práctico. Tiene asma, cosa que le impide realizar ciertas actividades. Es asesinado por Roger, quien arroja la roca que se había puesto como defensa en la cima del acantilado, y le parte la cabeza. Junto con él, se rompe la caracola.
• Jack, quien es muy particular. Luego de la pelea generada con Ralph y de la división del grupo en dos, este muchacho conduce el grupo de los salvajes. Es obstinado y sólo se preocupa por cazar para comer, todo lo contrario a Ralph, que se preocupa de construir refugios, mantener encendida la hoguera e ir a cazar en menor medida. Está en desacuerdo con la sociedad organizada por leyes.
• Simon, que padece de epilepsia, es el artista del grupo, quien ve todo lo que pasa desde un punto de vista más sensible y filosófico. Es asesinado por la tribu de los salvajes en un ritual de guerra.
• Sam y Eric (Samyeric), quienes son gemelos temerosos, y realizan todas las actividades juntos, por eso los llaman Samyeric. Descubren al paracaidista muerto, y lo confunden con la fiera. Cuando la tribu de los no salvajes se dirige al sector de la otra tribu, para pedir las gafas robadas de Piggy, son detenidos por Jack y obligados a quedarse.

Las asambleas eran diarias y en ellas se debatían temas de interés general, cosas o problemas que les ocurrían a los niños, y también se organizaba el calendario de tareas necesarias para vivir en sociedad.
A diferencia de otras obras del mismo tema, "El señor de las moscas" presenta una visión extremadamente realista de la situación de estar perdido en una isla. Los muchachos tratan de matarse entre ellos por causas ideológicas.
Cuando Percival no recuerda su nombre se oponen dos afirmaciones razonables: el hecho de que éste era muy pequeño para recordar "esa fórmula encantada que se había desvanecido por completo", como bien lo describe Golding, o bien, si tenemos en cuenta que el pequeño estuvo demasiado tiempo con los salvajes, puede explicar este conflicto, entonces dando por afirmativa esta segunda razón, Percival Wemys Madison se había convertido en un salvaje.
Mi opinión es que el narrador no colocó mujeres en esta obra, porque la mujer tiene una visión más delicada de los hechos, por lo tanto, si hubiera colocado mujeres no hubiera pasado lo que pasó. Habría más orden, y no hubiera quedado el saldo de dos muertos.