Alineamiento de secuencias

1565 palabras 7 páginas
Alineamiento múltiple de secuencias aminoacídicas y diseño de sondas.

INTRODUCCIÓN
Los alineamientos múltiples de secuencias (AMS o MSA en ingles), ya sean de nucleótidos o aminoácidos, son alineamientos de tres o más secuencias, que permiten localizar regiones conservadas entre las secuencias analizadas detectando probables sitios de homología, estos permiten develar información biológica, evolutiva. Su fin es lograr alinear las secuencias, permitiendo el máximo número de nucleótidos o aminoácidos coincidan, basándose en una función, llamada “scoring function”. Basándonos en la funcionalidad, el estudio de cualquier gen, nos llevara a realizar análisis de la proteína codificada por tal gen, alineándola contra bases de datos,
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Muestra el alineamiento múltiple de las secuencias seleccionadas y la región conservada seleccionada como sonda, menciona por qué se seleccionó esta región como tal.

Se seleccionó esta región para el diseño de la sonda debido a que es donde se pueden encontrar sitios activos y los alineamientos que se realicen a partir de la sonda pueden proporcionar información para la realización de árboles filogenéticos.

3. Mediante el uso de Blast y usando la sonda previamente seleccionada, busca 20 homólogos de la proteína Rim101 en Ascomicetes y enuméralos a continuación. No. De acceso | Organismo | | Q8J1U9.1 | Gibberella fujikuroi | Full=pH-response transcription factor pacC/RIM101 | Q870A3.1 | Fusarium oxysporum | Full=pH-response transcription factor pacC/RIM101 | ADO60821.1 | Gibberella zeae | pH zinc finger transcription factor | EFY93897.1 | Metarhizium acridum | pH-response transcription factor pacC/RIM101 [Metarhizium acridum CQMa 102] | Q96X49.1 | Acremonium chrysogenum | Full=pH-response transcription factor pacC/RIM101 | XP_003051869.1 | Nectria haematococca | hypothetical protein NECHADRAFT_60425 [Nectria haematococca mpVI 77-13-4] | ACO06060.1 | Bionectria ochroleuca | PacC [Bionectria ochroleuca] | Q873X0.1 | Gibberella moniliformis | RecName: Full=pH-response transcription factor pacC/RIM101 | EFY98899.1 | Metarhizium anisopliae | pH-response transcription factor pacC/RIM101 [Metarhizium anisopliae ARSEF 23] | EHK16610.1 | Trichoderma

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