Como obstáculos a la persecución penal el Código Procesal enumera la cuestión PREJUDICIAL, EL ANTEJUICIO Y LAS EXCEPCIONES. Dentro de estas se distinguen las excepciones de incompetencia, la de falta de acción y la de extinción de la persecución penal o pretensión civil.

1. Cuestión prejudicial Existe prejudicialidad cuando la solución del proceso penal depende de la solución de otro proceso PREJUDICIALIDAD PENAL: cuando la solución del proceso, dependa de otro proceso penal no acumulable Por ejemplo, Juan denuncia a Pedro por la comisión de un homicidio y Pedro interpone una querella contra Juan por calumnia. La querella no podrá resolverse hasta que no se determine si la denuncia es cierta o falsa. …ver más…

Competencia funcional: La competencia funcional es la que determina que órgano jurisdiccional debe conocer cada fase del proceso. Así el juez de primera instancia será competente durante el procedimiento preparatorio e intermedio, el tribunal de sentencia durante la fase de juicio oral, la sala de apelaciones y la Corte Suprema de Justicia para los distintos recursos y el juez de ejecución para la ejecución de la pena.
II. Competencia territorial: determina cual de los distintos órganos jurisdiccionales del mismo rango que hay en el país conoce el proceso. En Derecho Penal, el fuero que determina la competencia es el del lugar de comisión del delito. La Corte Suprema de Justicia es la encargada de distribuir la competencia territorial.

III. Competencia por conexión: En algunos casos, distintos delitos de acción pública deben ser conocidos en una misma causa. artículo 55 del Código Procesal.
El fiscal, al igual que cualquiera de las partes, puede promover una cuestión de competencia por inhibitoria o por declinatoria (Art. 56 CPP), cuando entiende que el juez o tribunal que conoce el asunto, no es el competente: Por inhibitoria: La cuestión por inhibitoria se planteará ante el juez o tribunal que se considera competente. Por declinatoria: La cuestión por declinatoria se tramitará ante el juez o tribunal que está conociendo el procedimiento y al cual se considera incompetente.
El uso de una de las vías impide el abandono para recurrir a