O filme de Fernando Meireles começa com um churrasco na comunidade, onde Zé Pequeno e algumas crianças correm atrás de uma galinha dando tiros, até conseguir pegá-la. Buscapé que voltava pra casa, vê-se no meio de um confronto entre policiais e bandidos. Apesar de a história ser no presente, para poder entender o começo da história é preciso voltar á década de 60, quando a Cidade de Deus foi formada.
A Cidade de Deus, que é o espaço onde se passa o filme, nasceu por conta de enchentes e incêndios em favelas do Rio de Janeiro. Como o governo não tinha pra onde mandar aquelas famílias, fizeram aquela comunidade bem distante do cartão postal da Cidade. Na Cidade de Deus viviam muitas crianças e adolescentes, entre eles o Trio Ternura, que …exibir mais conteúdo…

Depois que Angélica deixou Thiago, ele viciou-se mais ainda em cocaína, mas com isso conseguiu a amizade de Bené e o mesmo entrou para a turma dos Cocotas também.
Naquela semana todos foram á uma festa na comunidade, como de costume Zé Pequeno queria matar o Cenoura, porque um grupo de crianças conhecidos como caixa baixa, roubavam na favela e roubos dentro da comunidade era algo que Zé Pequeno não permitia. Enquanto Zé Pequeno se estressava, Bené conquistava o coração de Angélica, os dois dançaram juntos por um bom tempo.
Depois de um roubo na padaria da comunidade, feito pelas crianças do caixa baixa, Zé Pequeno e seus companheiros foram saber o que estava acontecendo. Pegaram os pequenos criminosos de surpresa, e apesar deles saíram correndo Zé Pequeno conseguiu pegar dois deles. Deram um tiro no pé dos dois, e depois o Zé mandou Filé matar um dos dois, Filé hesitou um momento, mas matou um dos garotos.
Enquanto toda essa malandragem acontecia na favela, Buscapé trabalhava duro em uma loja do Makro, e apesar de não ter culpa, é mandado embora por justa causa. Na volta pra casa ele viu os traficantes passeando de moto e curtindo a vida, o que deixa o protagonista frustrado, pois ele é um garoto honesto, mas não consegue melhorar de vida. O narrador chega até a citar: “Parecia até uma mensagem de Deus, se liga aí mané, honestidade não compensa!”.
Então Buscapé e seu melhor amigo, decidem tentar a vida do crime. Começam em um ônibus, mas o cobrador do veículo