O NTFS é um sistema de arquivos mais antigo do que muitos acreditam. Ele começou a ser desenvolvido no início da década de 1990, quando o projeto do Windows NT dava os seus primeiros passos.
A idéia foi desde o início, criar um sistema de arquivos que pudesse ser usado durante décadas, por mais que os discos rígidos evoluíssem.
Já que o grande problema do sistema FAT16 era o fato de serem usados apenas 16 bits para o endereçamento de cada cluster, permitindo apenas 65 mil clusters por partição, o NTFS incorporou desde o início a capacidade para endereçar os clusters usando endereços de 64 bits. A única limitação agora passa a ser o tamanho dos setores do HD. Como cada setor possui 512 bytes, o tamanho de cada cluster usando NTFS também poderá ser de 512 bytes, independentemente do tamanho da partição.
É sem dúvida um grande avanço sobre os clusters de 32 KB e as partições de até 2 GB da FAT 16. Mas, existe um pequeno problema em endereçar partições muito grandes usando clusters de 512 bytes: o desempenho. Com um número muito grande de clusters, o processamento necessário para encontrar os dados desejados passa a ser muito grande, diminuindo a performance.
Assim como na FAT 32, ficou estabelecido que o tamanho mínimo de clusters seria usado por default apenas em partições de um certo tamanho:

Apesar do default ser usar clusters de 4 KB em qualquer partição maior do que 2 GB, você pode criar partições com clusters do tamanho que desejar através do assistente para