Resonancia Magnética Nuclear (Presentación PowerPoint) (página 3)

Partes: 1, 2, 3

y al final de la asignación …
(Gp:) 2D COSY
2D TOCSY
(Gp:) I
(Gp:) F
(Gp:) V
(Gp:) F
(Gp:) F
(Gp:) F
(Gp:) K
(Gp:) K
(Gp:) K
(Gp:) I
(Gp:) I V F
(Gp:) F I K
(Gp:) 3 4 5 6 7 8
(Gp:) H-
(Gp:) -OH
(Gp:) K F I V F F I K F K
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
(Gp:) Asignación secuencial
(Gp:) I V F
(Gp:) 3 4 5
(Gp:) 1 2 3
(Gp:) K F I
(Gp:) H-K1-F2-I3-V4-F5-F6-I7-K8-F9-K10-OH
(Gp:) 6 7 8
(Gp:) F I K
(Gp:) K F K
(Gp:) 8 9 10
(Gp:) 2D NOESY

RMN bidimensional
Obtención de los espectros de COSY, TOCSY y NOESY.
Asignación : determinar que Aa hay en los espectros
Determinación de las distancias entre Aa
Reconstrucción 3D

Determinación de las distancias entre Aa
NOE ? distancias

NOEs intensos: 1.8 < rHH < 2.8 Å
NOEs medios: 1.8 < rHH < 3.5 Å
NOEs débiles: 1.8 < rHH < 5 Å
(Gp:) H
(Gp:) H
(Gp:) H
(Gp:) H
(Gp:) H

RMN bidimensional
Obtención de los espectros de COSY, TOCSY y NOESY.
Asignación : determinar que Aa hay en los espectros
Determinación de las distancias entre Aa
Reconstrucción 3D

Reconstrucción 3D
Secuencia
proteína
Coordenadas
De los átomos de la
proteína
Longitudes y
ángulos de enlace
quiralidad,
planaridad
Interacciones no covalentes:
van der Waals, electrostáticas, enlaces d’H
límites de distancias
entre 1H
ángulos diedros
puentes disulfuro
restricciones
experimentales
(Gp:) geometría
covalente

(Gp:) Estructura 3D

enlace
Estructura de proteínas

enlace
ángulo
Estructura de proteínas

enlace
dihedro
ángulo
Estructura de proteínas

enlace
dihedro
ángulo
van der Waals
Estructura de proteínas

enlace
dihedro
ángulo
+
–
electrostático
van der Waals
Estructura de proteínas

puente de hidrógeno
enlace
dihedro
ángulo
+
–
electrostático
van der Waals
Estructura de proteínas

puente de hidrógeno
(Gp:) enlace

(Gp:) dihedro

(Gp:) ángulo

+
–
electrostático
van der Waals
(Gp:) NOE

Estructura de proteínas

Parámetros espectrales con información sobre la estructura secundaria de la proteína
NOE
Constantes de acoplamiento (J)
Desplazamientos químicos (d)
Velocidades de intercambio H D
Coeficientes de temperatura

NOE: La irradiación sobre un núcleo produce variaciones en la resonancia en los núcleos vecinos.
Condiciones:
distancia < 5Å
Saturación de la resonancia para igualar estados alfa y beta.
Es el método de elucidación de características estructurales en 3D y estereoquímica, usando RMN junto con información de los acoplamientos escalares spin-spin.

Parámetros espectrales con información sobre la estructura secundaria de la proteína

Constantes de acoplamiento spin-spin (J):
Las interacciones escalares entre núcleos unidos a través de un pequeño número de enlaces covalentes causan desacoplamiento en las señales de RMN.
Dependen de la geometría de los enlaces que unen los spins nucleares.

Parámetros espectrales con información sobre la estructura secundaria de la proteína

Desplazamientos químicos (d):
Los diferentes protones de una molécula presentan frecuencias de resonancia característica en función de su entorno químico.

Parámetros espectrales con información sobre la estructura secundaria de la proteína

Parámetros espectrales con información sobre la estructura secundaria de la proteína
Velocidades de intercambio 1H 2H:

5. Coeficientes de temperatura: permite saber si se forman puentes de hidrógeno intramoleculares.