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Secuenciación y análisis bioinformático de secuencias




Enviado por Pablo Turmero



Partes: 1, 2

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    Puntos a tratar en este Tema :
    Métodos de secuenciación del DNA
    Secuenciación ordenada (clon a clon)
    STS y ETS
    Secuenciación aleatoria (Shotgun)
    Mapas de expresión
    Bancos de datos
    Análisis bioinfomático
    Paquetes de programas
    http://mendel.uab.es/doctorat/genomica/

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    Mapas genéticos (de ligamiento o recombinación): basados en distancias o frecuencias de recombinación
    (Gp:) Xg Proteína grupo sanguíneo
    (Gp:) Ictiosis (un efermedad de la piel)
    (Gp:) Albinismo ocular
    (Gp:) Angioqueratoma (crecto celular)
    (Gp:) Centrómero
    (Gp:) Fosfoglicerato-quinasa
    (Gp:) Alfa-galactosidasa
    (Gp:) Xm
    (Gp:) Deutan (ceguera color rojo-verde)
    (Gp:) G6PD
    (Gp:) Protano (ceguera color rojo-verde)
    (Gp:) Hemofilía A

    Mapas físicos y genéticos
    Mapa de ligamiento parcial
    del cromosoma X de la especie humana

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    Mapa genético del Cromosoma 1
    Homo sapiens.

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    Mapas físicos y genéticos
    Mapas físicos: la distancia entre marcadores es una distancia física real, basada en bp,
    Posición citológica en los cromosomas, o fragmentos de cromosomas.

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    Secuenciación automatizada del DNA
    Secuenciación basada en la terminación de cadena

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    Vector de clonación

    Vector plasmídico

    Vector bacteriófago M13

    Fagémido

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    Interpretación de un cromatograma con Chroma

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    Limitaciones de la aproximación clásica
    1/5.000.000 cada experimento

    Secuenciación por capilaridad
    96 canales, 96 secuencias en paralelo
    < 2 horas/run -> 1000 secuencias/día

    Pirosecuenciación
    Adición nucleótidos libera pirofosfato
    Con enzima sulfurilasa produce flash luminiscente

    DNA chips
    8-meros 65539 combinaciones. 256 bases legibles
    10-meros 1048576 combinaciones, 1kb
    20-meros 1012 combinaciones, 1MB
    Alternativas de secuenciación

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    DNA chips (1 millón oligonucleótidos por cm2)
    8-meros 65539 combinaciones. 256 bases legibles (raíz cuadrada de las posibles combinaciones)
    10-meros 1048576 combinaciones, 1kb
    20-meros 1012 combinaciones, 1MB
    Alternativas de secuenciación

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    Estrategia del perdigonazo (shotgun)
    Gran éxito en microorganismos (Haemophilus influenzae)
    Aproximación Clon a clon (Consorcio público)
    Aproximación del perdigonazo dirigida (Celera Genomics)
    Ensamblaje de secuencias de DNA contiguas
    Francis S.
    Collins
    Proyecto Genoma humano
    Consorcio público
    J. Craig
    Venter
    PE Celera Genomics

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    Arquitectura
    del genoma de
    Haemophilus
    influenzae

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    Microorganismos secuenciados

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