Disfunciones del hipotálamo
El hipotálamo puede resultar dañado como consecuencia de una operación quirúrgica; de traumas tales como un accidente de tráfico o un golpe; de la degeneración debida al envejecimiento o a alguna enfermedad; o de un tumor. Las consecuencias pueden ser muy variadas y dependen de la región del hipotálamo afectada.
Una lesión del hipotálamo o del tracto hipofisario-hipotalámico puede producir diabetes insípida. Otros síntomas pueden incluir anomalías sexuales (tales como una pubertad prematura), desequilibrios psíquicos, obesidad, anorexia, alteraciones en la regulación de la temperatura, desórdenes del sueño y alteración de los ritmos circadianos normales
Diabetes insípida Neurogénica o Hipotalámica
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Ejercicio: las mujeres que practican deporte en alta competición así como las bailarinas están sometidas a mucha presión, además de someterse a una gran pérdida de grasa corporal, esto produce frecuentes alteraciones en su ciclo menstrual. Se produce un aumento de prolactina, hormona del crecimiento, testosterona, ACTH, esteroides adrenales y endorfinas, junto con un descenso de las gonadotrofinas, motivado probablemente por aumento de los opiáceos endógenos.
Lesiones hipotalámicas: Distintos tipos de lesiones producen amenorrea; tuberculomas, hidrocefalia, aneurismas de la carótida interna, meningitis, traumatismos, etc. En la mujer destaca además entre las lecciones del hipotálamo el síndrome de Seehan en el que a consecuencia de isquemia o infarto motivado por la hemorragia durante el parto se produce una insuficiencia total del eje hipotálamo-hipofisario.
Defectos genéticos: Son muy infrecuentes. La amenorrea aparece en el síndrome de Laurence-Moon-Biedl aunque el cuadro es tan grave que pasa desapercibida frecuentemente.
Yatrogénica por anticonceptivos: Se debe a la inhibición que producen sobre el hipotálamo, disminuyendo consecuentemente la producción de gonadotrofinas.

Distrofia olfativogenital: El la distrofia olfativogenital o síndrome de kallman hay una atrofia de la corteza olfatoria junto con infantilismo sexual, el cariotipo es femenino normal. Hay anosmia, amenorrea primaria y falta de desarrollo de los caracteres sexuales